En ultrasensitiv metod för att upptäcka cellfritt RNA (cfRNA)

En ny studie publicerad i Nature (2025) presenterar en banbrytande metod för att analysera cellfritt RNA (cfRNA) i blodplasma. Denna metod, kallad RARE-seq (Random Priming and Affinity Capture of cfRNA Fragments for Enrichment Analysis by Sequencing), är betydligt känsligare än tidigare tekniker och kan användas för att upptäcka och övervaka sjukdomar, inklusive cancer. Här är en sammanfattning av studiens viktigaste resultat och dess potentiella kliniska tillämpningar.

Bakgrund: Vad är cellfritt RNA?

Cellfritt RNA (cfRNA) är små fragment av RNA som cirkulerar i blodet och frigörs från celler, inklusive tumörceller. cfRNA kan ge värdefull information om genuttryck och biologiska processer i kroppen, vilket gör det till en lovande biomarkör för sjukdomsdiagnostik och övervakning.

RARE-seq: En ny metod för cfRNA-analys

RARE-seq är en ultrasensitiv metod som är optimerad för att analysera cfRNA. Den erbjuder flera fördelar jämfört med traditionella RNA-sekvenseringstekniker:

1. Högre känslighet:
   • RARE-seq är cirka 50 gånger känsligare än heltranskriptom-RNA-sekvensering.
   • Den kan upptäcka tumörhärledda cfRNA med en detektionsgräns på 0,05 %.
2. Minskad kontaminering:
   • Metoden inkluderar en strategi för att eliminera kontaminering från blodplättar, vilket annars kan påverka analysen.
3. Bred klinisk tillämpning:
   • RARE-seq kan användas för att identifiera genuttryckssignaturer, spåra sjukdomsutveckling och övervaka svar på behandlingar.

Kliniska tillämpningar

Forskarna testade RARE-seq på 437 plasmaprover från 369 individer med cancer, icke-maligna tillstånd och friska kontroller. Resultaten visar att metoden har stor potential inom flera områden:

1. Cancerdiagnostik:
   • RARE-seq identifierade genuttryckssignaturer för icke-småcellig lungcancer (NSCLC) med hög känslighet, särskilt i senare stadier:
     • 30 % känslighet i stadium I.
     • 83 % känslighet i stadium IV vid 95 % specificitet.
2. Upptäckt av resistensmekanismer:
   • Hos patienter med NSCLC som utvecklade resistens mot tyrosinkinashämmare (TKI) kunde RARE-seq identifiera både histologiska transformationer och mutationsbaserade resistensmekanismer.
3. Spårning av mRNA-vacciner:
   • Metoden visade potential för att övervaka immunsvar på mRNA-vacciner.
4. Bestämning av vävnadsursprung:
   • RARE-seq kan användas för att identifiera vilken vävnad cfRNA härstammar från, vilket är användbart för att diagnostisera olika sjukdomar.

Betydelse och framtida forskning

RARE-seq representerar ett stort framsteg inom cfRNA-analys och har potential att revolutionera sjukdomsdiagnostik och övervakning. Metoden kan användas för att:

• Förbättra tidig upptäckt av cancer och andra sjukdomar.
• Utveckla mer personanpassade behandlingsstrategier.
• Utforska nya biomarkörer för olika sjukdomstillstånd.

Forskarna planerar att vidareutveckla metoden och undersöka dess tillämpning på andra sjukdomar och kliniska scenarier.

Slutsats

RARE-seq är en ultrasensitiv och innovativ metod för cfRNA-analys som kan öppna nya möjligheter inom medicinsk diagnostik och forskning. Genom att möjliggöra tidig upptäckt och övervakning av sjukdomar har metoden potential att förbättra patientvården och bidra till framsteg inom precisionsmedicin.

Referens

• Nesselbush, M.C., Luca, B.A., Jeon, Y.J., et al. (2025). An ultrasensitive method for detection of cell-free RNA. Nature. DOI: 10.1038/s41586-025-08834-1